Table 1 Viral proteins identified by iPOND-MS analysis

Nucleotide precursor metabolism

22L/92R^a

 + 

 + 

Thymidine kinase

42R/73L^a

 + 

 + 

Ribonucleotide reductase

Replication

47L/63R^abc

 + 

 + 

 + 

 + 

 + 

 + 

DNA polymerase: involved in the synthesis of polydeoxyribonucleotides

85L/27R^bc

 + 

 + 

 + 

 + 

 + 

 + 

SSB: binding single-stranded DNA

88L/24R^abc

 + 

 + 

 + 

 + 

 + 

 + 

D5 family NTPase: synthesis of RNA primers/unwinding double-stranded DNA

23L/91R^abc

 + 

 + 

 + 

 + 

 + 

 + 

Proliferating cell nuclear antigen: processivity factor for DNA polymerase

Genome modification

24L/90R^bc

 + 

 + 

 + 

 + 

 + 

 + 

Cytosine DNA methyltransferase: involved in genome DNA methylation

DNA/RNA cleavage or specific structures processing

12L/102R^abc

 + 

 + 

 + 

 + 

 + 

 + 

FEN endonuclease: involved in DNA replication, repair, or recombinantion

10L/10L^abc

 + 

 + 

 + 

 + 

 + 

 + 

DEAD-like helicase: involved in DNA replication or transcription

28R/87L^ab

 + 

 + 

 + 

 + 

 + 

Ribonuclease III

50L/61R^b

 + 

 + 

 + 

 + 

Putative Holliday junction resolvase: involved in DNA repair or recombination

13R/101L^a

 + 

 + 

Restriction endonuclease domain

54R/56L

 + 

 + 

DEAD-like helicase: involved in DNA replication or transcription

Transcription

9R/9R^abc

 + 

 + 

 + 

 + 

 + 

 + 

DdRp II largest subunit, Rpb1

Components of RNA polymerase holoenzyme

46R/65L^abc

 + 

 + 

 + 

 + 

 + 

 + 

DdRp II second largest subunit, Rpb2

82L/30R

 + 

RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain

79L/34R^bc

 + 

 + 

 + 

 + 

 + 

 + 

Transcription termination factor Rho domain

Possessing domains but the functions in replication and transcription are not sure

68L/44R^abc

 + 

 + 

 + 

 + 

 + 

 + 

RRV orf2-like protein

83L/29R^abc

 + 

 + 

 + 

 + 

 + 

 + 

Tyrosine kinase/lipopoly-saccride modifying enzyme

91L/21R^abc

 + 

 + 

 + 

 + 

 + 

 + 

2-cysteine adaptor domain; Protein kinase domain

96L/16R^abc

 + 

 + 

 + 

 + 

 + 

 + 

Putative AAA_ATPase

29L/86R^bc

 + 

 + 

 + 

 + 

 + 

 + 

Putative ATPase-dependent protease

62R/50L^bc

 + 

 + 

 + 

 + 

 + 

 + 

SAP domain

19L/95R^ab

 + 

 + 

 + 

 + 

 + 

Erv1/Alr family

6R/6R^b

 + 

 + 

 + 

 + 

 + 

US22 superfamily

51L/60R^ab

 + 

 + 

 + 

 + 

Putative phosphotransferase

35R/80L

 + 

 + 

 + 

IBR domain

26L/89R^b

 + 

 + 

Immediate early protein ICP-18

16L/98R^a

 + 

Immediate early protein ICP-46

65R/47L

 + 

104 kDa microneme/rhoptry antigen domain

Unknown function/no putative conserved domains were found

3L/3L^bc

 + 

 + 

 + 

 + 

 + 

 + 

20R/94L^bc

 + 

 + 

 + 

 + 

 + 

 + 

61L/51R^bc

 + 

 + 

 + 

 + 

 + 

 + 

64R/48L^bc

 + 

 + 

 + 

 + 

 + 

 + 

97L/15R^b

 + 

 + 

 + 

 + 

 + 

98R/13L^ab

 + 

 + 

 + 

 + 

86L/26R^b

 + 

 + 

 + 

 + 

89R/23L^ab

 + 

 + 

 + 

 + 

38L/77R^b

 + 

 + 

 + 

5R/5R^b

 + 

 + 

 + 

45L/66R^b

 + 

 + 

 + 

94R/18L^b

 + 

 + 

66R/46L^b

 + 

 + 

100R/NA

 + 

 + 

 + 

93R/19L

 + 

 + 

63R/49L

 + 

 + 

52L/59R

 + 

4R/4R

 + 

31R/84L

 +