Table 1 Read counts of candidate 15 chimeric RNAs from other datasets
From: Profile of chimeric RNAs and TMPRSS2-ERG e2e4 isoform in neuroendocrine prostate cancer
Fusion | GSE156289 NCI-H660 | GSE154575 MSKCC-EF1 | GSE118206 transformed prostate basal epithelial | GSE118206 small cell prostate cancer | GSE118206 prostate adenocarcinoma | GSE31528 Bone metastases |
|---|---|---|---|---|---|---|
ACYP2-SPTBN1 |  +  |  +  | − |  +  | − | − |
CTNND2-GNPDA1 |  +  +  +  |  +  |  +  |  +  +  +  | − | − |
SPSB4-PXYLP1 |  +  +  |  +  | − |  +  | − | − |
TMPRSS2-ERG |  +  +  +  | − | − |  +  +  | − |  +  |
RIPPLY2-CYB5R4 |  +  | − |  +  +  +  |  +  +  | − | − |
FOXP1-PDCD6IP |  +  +  +  |  +  +  +  | − |  +  +  +  |  +  |  +  +  +  |
SLC25A42-EEF2 |  +  +  +  |  +  +  | − |  +  +  | − | − |
EEF2-SLC25A42 |  +  +  +  |  +  +  +  | − |  +  +  +  | − |  +  |
DCAF7-DDX42 |  +  +  | − | − |  +  | − | − |
SNX13-ATP2C1 |  +  +  +  | − |  +  |  +  +  +  |  +  +  +  |  +  +  +  |
SKIV2L2-PLPP1 |  +  +  +  |  +  +  +  | − |  +  +  +  | − |  +  +  +  |
ANAPC13-VIT |  +  +  +  |  +  +  +  | − |  +  +  +  | − |  +  |
USP15-C12orf56 |  +  +  +  |  +  +  +  | − |  +  +  +  | − | − |
ZNF420-TMLHE |  +  +  +  |  +  +  +  | − |  +  +  +  | − | − |
FXYD2-DSCAML1 | − | − | − | − | − | − |