Skip to main content

Advertisement

Table 5 56 target genes with fold changes>2 in either FF or FFPE

From: Clinical biomarkers of pulmonary carcinoid tumors in never smokers via profiling miRNA and target mRNA

Gene Bonferroni P-value (FF sample set) FDR (Q-value) (FF sample set) Fold change (FF sample set) Bonferroni P-value (FFPE sample set) FDR(Q-value) (FFPE sample set) Fold change (FFPE sample set)
MYT1L 5.51E - 11 3.88E - 12 12.4550 4.53E - 13 1.16E - 13 7.39483
GRIA2 2.45E - 09 4.06E - 11 11.9104 4.43E - 08 2.06E - 09 4.37013
GABRB3 7.34E - 12 1.03E - 12 7.88814 1.21E - 20 6.19E - 21 7.01235
GNG4 1.27E - 10 7.16E - 12 6.99072 0.000262 4.07E - 06 2.79579
BSN 9.94E - 13 2.80E - 13 6.90166 0.32599 0.001558 1.86761
DCX 3.25E - 07 1.99E - 09 6.89053 1 0.004534 2.57829
ADCY1 1.84E - 08 1.86E - 10 6.21244 0.000107 1.96E - 06 4.32350
MAPT 1.65E - 08 1.78E - 10 5.62091 0.006132 5.81E - 05 2.33615
ONECUT2 6.61E - 06 2.43E - 08 5.23250 7.35E - 11 1.25E - 11 9.43872
KIAA1853 6.54E - 07 3.76E - 09 5.19024 0.006683 6.04E - 05 3.04028
KIAA2022 1.54E - 09 2.92E - 11 5.09764 1 0.004154 2.49768
DIO2 1.21E - 06 5.86E - 09 4.70725 4.05E - 08 2.06E - 09 4.34805
MAP1B 5.70E - 09 7.54E - 11 4.63902 6.45E - 05 1.32E - 06 2.70928
LMX1B 4.11E - 06 1.61E - 08 4.52942 4.18E - 09 4.27E - 10 7.73015
GDAP1 4.08E - 10 1.44E - 11 4.48671 4.11E - 08 2.06E - 09 4.16645
PCSK2 2.50E - 05 7.73E - 08 3.86742 0.009937 8.33E - 05 1.89466
KCNMA1 3.23E - 11 3.03E - 12 3.67536 0.031252 0.000228 1.76140
NAPB 0.072657 8.86E - 05 3.46819 0.87771 0.0034 2.01038
LONRF2 1.99E - 10 8.00E - 12 3.44860 0.000555 7.89E - 06 2.72746
BCL11A 6.40E - 10 1.74E - 11 3.44466 0.006028 5.81E - 05 2.17082
NPTXR 1.07E - 06 5.27E - 09 3.30689 1 0.020193 1.94804
CNTNAP2 0.228461 0.000254 3.28905 0.096864 0.000563 3.86958
PPM1E 0.000311 7.63E - 07 3.27730 0.033037 0.000231 4.02684
NRXN1 1.05E - 07 7.43E - 10 3.26422 5.62E - 10 7.18E - 11 3.16390
HOOK1 7.40E - 10 1.74E - 11 3.08291 3.82E - 06 1.08E - 07 2.08999
GRIN3A 0.002214 4.24E - 06 3.05354 0.832186 0.003248 2.27896
ACVR1C 0.000623 1.44E - 06 3.04558 0.226766 0.00116 1.36657
KCNK10 0.001691 3.38E - 06 2.86392 0.024849 0.000194 2.34985
GALNT13 0.063352 7.97E - 05 2.64778 0.032131 0.000228 3.08732
GRIA3 0.005907 9.67E - 06 2.63121 0.006349 5.90E - 05 3.00096
MARK1 2.02E - 07 1.32E - 09 2.61530 0.440426 0.001905 2.17015
NMNAT2 7.98E - 07 4.32E - 09 2.60904 1 0.009004 1.91743
OPRK1 0.034466 4.69E - 05 2.60605 0.360804 0.001688 1.78113
NBEA 0.000203 5.16E - 07 2.54401 0.000695 9.50E - 06 2.06122
PLEKHA6 8.76E - 07 4.66E - 09 2.50270 0.000165 2.78E - 06 2.74812
KIAA0319 0.001813 3.52E - 06 2.47998 0.050027 0.000319 2.93101
LASS6 2.35E - 05 7.36E - 08 2.27989 0.050576 0.000319 2.59056
MRAS 0.154027 0.000179 2.20056 1 0.016486 1.66357
LGI2 2.03E - 05 6.48E - 08 2.19808 1 0.052341 1.27189
PCDHAC1 0.000116 3.05E - 07 2.14330 0.157803 0.000858 2.18946
NCALD 2.54E - 06 1.10E - 08 2.08249 0.047075 0.000305 1.78080
PRKACB 2.67E - 06 1.14E - 08 2.07355 1 0.014795 1.43322
CDC42BPA 1.02E - 05 3.51E - 08 2.05556 0.008406 7.16E - 05 1.85332
ARNT2 0.00032 7.78E - 07 2.05120 1 0.008178 2.51625
ICA1L 6.14E - 06 2.31E - 08 2.04325 0.0004 5.85E - 06 2.04596
GREB1 0.035592 4.82E - 05 1.98638 0.334941 0.001586 2.53911
ARL3 0.004337 7.54E - 06 1.95526 1 0.008061 2.03861
RALGPS1 3.95E - 08 3.28E - 10 1.93623 0.136701 0.000768 2.09949
AGPAT5 0.005877 9.67E - 06 1.75658 0.046976 0.000305 2.40687
CASK 0.00097 2.11E - 06 1.72623 0.364994 0.001688 2.42452
RGS5 0.598115 0.000593 1.57714 0.42732 0.001868 2.13286
PHLPPL 0.037763 5.06E - 05 1.52873 0.66169 0.002643 2.11452
KSR2 0.007235 1.16E - 05 1.52085 1.90E - 08 1.62E - 09 3.17742
ADCY2 0.000858 1.90E - 06 1.38008 0.00176 2.14E - 05 2.87647
  1. Note: If fold changes in the FF or FFPE sample sets are <-2, they are denoted in italics, respectively. If the Bonferroni P-value or FDR (Q-value) are <0.05 or <0.01, they are labeled in bold font, respectively.
  2. FF=Fresh Frozen tissues.
  3. FFPE=Formalin-Fixed Paraffin-Embedded tissues.
  4. FDR=False Discovery Rate.